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옥스퍼드 주석 다운로드

우리는 데이터 집합 전반에 걸쳐 관찰된 가장 빈번한 질량 차이를 강조하는 히스토그램이 고려 중인 중립 질량 이득 및 손실풀에 잠재적인 추가를 밝히는 데 도움이 될 수 있으며 Brown et al.(2009)이 채택한 전략과 유사한 추가 주석을 용이하게 할 수 있다고 가설했습니다. 우리는 ThermoFinnigan Q-Exactive 기기에서 실행되는 HILIC 양성 비표적 플라즈마 대사학 실험에서 확인된 대사산물 류신을 포함하는 Binner 클러스터에 적용된 이 개념을 설명합니다. 그림 4A와 B는 질량 차이 행렬의 부분과 질량 차이 분포 탭을 표시합니다. 후자는 관찰된 모든 binwise 질량 차이 값을 표로 작성하여 생성됩니다. 전체 Binner 보고서는 보충 S3를 참조하십시오. 다음 스크립트는 VIA 소프트웨어에서 생성된 주석을 처리하는 데 유용한 경우가 많습니다. 다른 사용자와 공유하고 싶은 스크립트가 있는 경우 저희에게 알려주십시오. 추가 공고 프로세스는 클러스터에서 가장 풍부한 피처를 식별하여 시작합니다(샘플 전체의 중간 강도에 의해 결정). 이 기능은 지정된 전하 상태에 대해 가장 빈번한 이온(예: M+H, M+Na 등)에 해당하는 유덕가설을 반복적으로 할당합니다. 각 가설에 대해 기본 중립 질량은 가설 된 adduct의 질량 및 전하와 함께 피쳐의 m/z 값에서 계산됩니다. 그런 다음 Binner는 각 중립 질량을 사용하여 클러스터의 다른 피처의 보고된 m/z 값을 설명하는 주석을 검색합니다. 사용자가 제공한 주석 파일을 사용하여 충전 캐리어, adducts 및 중립 손실의 첨가제 조합을 사용하여 putative 주석이 할당됩니다.

추가된 피처의 수를 최대화하는 가설은 PI 할당을 결정합니다. 관련 기능에 는 그에 따라 추가됩니다. PI를 중심으로 주석을 생성하는 이 방법은 클러스터 내에서 가능한 모든 adduct 조합을 철저히 검색하는 것보다 더 효율적이고 정확합니다. 클러스터 내의 피쳐가 비하여 유지되면 전체 단계 집합이 가장 풍부한 무고 한 기능부터 반복되며 모든 클러스터 요소에 대해 추가가 시도될 때까지 이 프로세스가 계속됩니다.

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